Theo đó, Luật Thuế giá trị gia tăng sửa đổicho phép doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã khi mua bán sản phẩmnông nghiệp chưa chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường không phải kê khai,tính nộp thuế giá trị gia tăng đầu ra nhưng được khấu trừ thuế giá trị gia tăngđầu vào.

Luật mới cũng sửa đổi các nội dung liênquan đến mức doanh thu không chịu thuế giá trị gia tăng đối với hộ, cá nhânkinh doanh (từ 100 triệu đồng nâng lên 500 triệu đồng/năm); đồng thời bãi bỏkhoản 3 Điều 12 và điểm c khoản 9 Điều 15 – những điều khoản từng gây tranh cãivề điều kiện hoàn thuế gắn với nghĩa vụ nộp thuế của bên bán trong dự thảo trước đó.

Luật Thuế giá trị gia tăng sửa đổi sẽ cóhiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2026.

Trước khi tiến hành biểu quyết, Quốc hộinghe Bộ trưởng Bộ Tài chính Nguyễn Văn Thắng, thừa ủy quyền của Thủ tướng Chínhphủ trình bày Báo cáo giải trình, tiếp thu, chỉnh lý dự thảo Luật sửa đổi, bổsung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng.

Từ ngày 1/7/2025, Luật Thuế giá trị giatăng số 48/2024/QH15 chính thức có hiệu lực. Tuy nhiên, chỉ sau 5 tháng thihành, Chính phủ đã nhận được nhiều phản ánh, kiến nghị từ các doanh nghiệp vàhiệp hội ngành hàng về những vướng mắc phát sinh, đặc biệt trong lĩnh vực nôngnghiệp, xuất khẩu và sản xuất thức ăn chăn nuôi.

Trước đó, theo Luật Thuế giá trị gia tăngnăm 2016, đối với hàng hóa nông sản chưa chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thôngthường ở khâu thương mại, doanh nghiệp không phải kê khai, tính nộp thuế giátrị gia tăng đầu ra nhưng vẫn được khấu trừ thuế đầu vào đối với các chi phínhư điện, nước, vận chuyển… Quy định này giúp doanh nghiệp tiết kiệm chi phí,giảm áp lực dòng tiền và hạn chế tình trạng gian lận hoàn thuế.

Tuy nhiên, Luật số 48/2024/QH15 không cònduy trì quy định này, khiến doanh nghiệp phải kê khai, tạm nộp thuế giá trị giatăng đầu vào 5%, rồi chờ hoàn thuế sau khi xuất khẩu. Thực tế này gây áp lựctài chính lớn, đặc biệt với những ngành có vòng quay vốn nhanh như cà phê, hồtiêu, gạo.

Chính phủ đã ước tính, chỉ trong 6 thángcuối năm 2025, số thuế giá trị gia tăng mà doanh nghiệp ngành cà phê phải tạmnộp lên đến khoảng 5.000 tỷ đồng; ngành lương thực khoảng 2.016 tỷ đồng; ngànhhồ tiêu và cây gia vị khoảng 2.162 tỷ đồng; dẫn đến đọng vốn, ảnh hưởng đến sảnxuất kinh doanh.

Trước tình hình trên, Chính phủ đã trình Quốchội thông qua Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng,trong đó khôi phục quy định quan trọng đối với một số nhóm ngành nghề trong lĩnhvực nông nghiệp, từng được áp dụng từ năm 2016.